L’histoire nous entraîne dans le quotidien de Allen Walker, un exorciste de la Congrégation de l’Ombre. Cette organisation a pour objectif d’éliminer les Akuma (monstres créés avec l’âme d’un mort et le corps d’un de ses proches) créés par le mystérieux Comte Millénaire qui souhaite exterminer les humains. Pour mener à bien ce combat, les exorcistes disposent chacun d’une Innocence, sorte d’arme personnelle fantastique extrêmement rare. Mais sur leur chemin se dresse le clan de Noé (amis du Comte Millénaire), des êtres semi-humains, se disant descendants de Noé, et sont dotés d’une puissance phénoménale…