Misaki Suzuhara arrive à Tokyo pour entrer au collège, sa mère étant très prise par son travail, celle-ci va donc habiter chez sa tante. Mais à peine arrivée en ville, qu’elle tombe sur un écran géant retransmettant un duel entre deux combattantes, mais qui sont en réalité de petites poupées guidées par ondes cérébrales. Séduite par le talent du vainqueur en dépit de sa petite taille, Misaki va rapidement se laisser entraîner dans le monde de l’Angelic Layer.