Den City est la ville où sont créés les systèmes de réseau. La société de technologie SOL a développé le LINK VRAINS, un espace de réalité virtuelle dans lequel les gens peuvent expérimenter un tout nouveau type de duels de cartes. Très vite, un groupe de hackers, qui se fait appeler les Hanoi Knights, veut détruire le monde de l’intelligence artificielle ; Cyverse, qui existe quelque part dans cette dimension numérique. Cependant, les Hanoi Knights perdent face au mystérieux duelliste Playmaker qui souhaite préserver LINK VRAINS. Derrière ce redoutable joueur se cache le lycéen Yusaku Fujiki qui recherche la vérité derrière un incident qui a eu lieu dans son passé.