Trois années se sont écoulées depuis la bataille contre l'Empire de la Comète Blanche. Le président Dessler, à la recherche d'une nouvelle étoile mère pour sauver le peuple mourant des Gamilas, trouve une étoile qui remplit les conditions dans une partie de la Voie lactée. Mais elle se trouve sur le territoire d'une puissante nation interstellaire. Le conflit territorial qui a éclaté dans la galaxie implique inévitablement la Terre, qui a conclu un traité de sécurité avec les Gamilas. La magie de la faille temporelle, qui apportait des avantages militaires et économiques à la Terre, a disparu en échange de leur propre vie. Susumu Kodai entreprend un voyage d'entraînement avec le nouvel équipage afin de se préparer à une situation d'urgence. Sans savoir que quelqu'un qui ne pense qu'à lui se trouve au milieu. Yamato est sur le point d'entreprendre un nouveau voyage dans une ère d'anxiété sans précédent. En chemin, un nouvel ennemi inimaginable l'attend...