En 1639, sous le règne de Louis XIII et de son ministre Richelieu, les paysans de Franche-Comté luttent pour éviter que leur pays ne soit rattaché à la France. L'enjeu est la neutralité que confère l'autonomie. Mais en pleine guerre de Trente Ans, aux ravages de la guerre s'ajoutent ceux de la peste. Un jésuite courageux, le père Boissy se démène dans ce tableau cruel pour guider ses fidèles sur un chemin qui les mènera jusqu'au Nouveau Monde...