Se déroulant après la deuxième saison de Transformers, Scramble City raconte l'histoire des Cybertrons qui ont construit un laboratoire secret dissimulé dans une montagne pour y concevoir Metroplex, un nouveau super robot qui leur servira de base mobile. Alors qu'Ultra Magnus s'affaire à le préparer, les Destrons découvrent son emplacement et l'attaquent. Les équipes Cybertron et Destron s'affrontent sur la montagne, puis Metroplex surgit et met hors de combat tous les Destrons. Soudain, Trypticon émerge des eaux ! Metroplex parviendra-t-il à vaincre Trypticon ?