Une jeune fille, nommée Tsukiko, intégre une école au japon qui est récemment modifiée et ce, afin d'accueillir tous les garçons dé-scolarisés et trouvant des difficultés dans leurs études. Seulement cette école en questions se situe dans une zone rurale éloignée de tout le monde. Par conséquent, notre héroïne est donc la seule femme à s'y être inscrite. Dans Starry Sky, les 12 signes du zodiaques sont représentés par des beaux jeunes hommes de cette école.