Sur une île en forme de croix, au sud du Japon, existe de mystérieuses ruines souterraines dans lesquelles se cachent de gigantesques robots humanoïdes nommé "Cybodies". Dans l'ombre, un groupe appelé "Order of the Glittering Star Cross" kidnappe une jeune fille du nom de Wako Agemaki et surnommée "shrine maiden". Leur but : rompre le sceau grâce à Wako qui est la clé pour activer ces robots. Takuto Tsunashi est un jeune garçon, nouveau sur l'île, venu avec son propre Cybody pour sauver Wako. La lutte pour découvrir le secret des ruines débute.