L'histoire se déroule après la grande bataille qui a opposée Ahténa et ses Chevaliers contre Hadès. Ce dernier est vaincu mais les conséquences sont terribles. Seiya est devenu un être enfermé dans son esprit que Athéna garde et protège chez elle tandis que le reste des autres Chevaliers de Bronze essayent de se soigner de leurs blessures. Soudain, la maison de campagne d'Athéna est attaquée. Seiya est sans défense et subit les foudres d'un guerrier puissant et masqué. Il s'agit de Toma d'Icarus. C'est un des chevaliers d'Artémis, la soeur d'Athéna. Cette dernière vient le prévenir que les Dieux ont décidé de reprendre le contrôle de la Terre et ont attribué le Sanctuaire d'Athéna à Artémis. Quand à notre Saori, elle doit faire face au jugement des Dieux. Nos Chevaliers vont devoir protéger leur Déesse une ultime fois avant de pourvoir trouver le repos qu'ils méritent. Seiya réveille toi de ton sommeil et délivre Athéna…