Le « phénomène de dématérialisation », qui transforme le monde réel en un univers numérique, est devenu un véritable problème et doit être résolu de toute urgence. Après avoir pris connaissance de cet incident, Netto et Rockman se sont lancés à la poursuite de leur père, Yuuichirou, chercheur en réseaux informatiques. Ce dernier avait également découvert des indices d’une intrusion dans l’ordinateur de la société Trinity Brain Trust : « La Terre elle-même comprendra la réalité du monde cybernétique ». Afin de détruire le programme à l'origine de l'incident, Netto et Rockman doivent s'enfoncer profondément sous terre. Mais d'anciens ennemis les y attendent, ainsi que de nouvelles menaces. Alors qu'ils s'affrontent, la cyber-entité maléfique Nebula Grey se réveille. Le phénomène de dématérialisation ne sera pas stoppé tant que Nebula Grey n'aura pas été vaincu.