Kobayashi, jeune collégien, se réveille dans sa classe à côté du cadavre démembré de son professeur principal. Il est le premier suspect dans l'enquête menée par le commissaire Keisuke Kagami, du département central de police de Shinjuku, et Kogorô Akechi, jeune détective de génie de 17 ans, agréé par l'Agence impériale. Kobayashi ne va pas tarder à demander au dit Akechi d'être son assistant. Ce dernier va lui imposer une condition : prouver son innocence en trouvant le coupable.