Shio Ogura est une lycéenne japonaise qui se rend à Taïwan dans le cadre d'un voyage scolaire lorsqu'elle est soudainement attaquée par des monstres. Des agents de l'agence gouvernementale DOGOO, appelés "E-Gene Holders", arrivent également, qui brandissent des armes imprégnées de l'esprit des personnages historiques. Shio se révèle également être un "E-Gene Holder" lorsque l'âme d'Oda Nobunaga se réveille après qu'elle ait tenté de sauver un ami.