L'histoire tourne autour d'Akira Nikaido, un lycéen qui mène une vie normale jusqu'à sa rencontre avec Shirogane. Celui-ci lui demande de devenir son ombre mais Akira ne comprends pas et le rejette. Plus tard, il se retrouve au lycée en pleine nuit avec deux amis et ils se font attaquer par des monstres de l'ombre nommées Kokichi. Shirogane les sauve et lui explique que l'équilibre entre le monde humain et le monde de ces monstres à été déformé. Akira doit devenir un « shin », créature du monde de l'ombre, afin d'aider à rétablir l'équilibre. Dans leur combat contre les Kokichi, ils sont rejoints plus tard par ses deux amis qui se trouvent avoir des capacités « esper ». A eux 4, ils doivent combattre et garder l'équilibre entre les deux mondes.