Negi Springfield, jeune magicien de 10 ans venant tout droit du Royaume-Uni, se retrouve propulsé au poste de professeur d'anglais dans une classe de 31 jeunes demoiselles. Après de nombreuses aventures avec ses jeunes élèves et couronnées par la triomphe du bien contre le mal (voir la série ou lire le manga), Negi doit face à un nouveau défi. En effet, les jeunes demoiselles vont être diplômées le lendemain même et il doit choisir une seule et unique partenaire pour devenir Magi magister. Son choix aura pour effet d'effacer complètement l'existence de la magie et du monde magique de la mémoire des 29 élèves restantes. Ceci provoque une série de tentatives de ces demoiselles de s'emparer du cœur de Negi et rester ainsi sa partenaire. Le soir même, Negi ainsi que ses élèves doivent face face à un nouveau danger qui menace les deux mondes !