Fortune Arterial nous raconte l'histoire de Kohei Hasekura, qui a été transféré dans dix écoles différentes. La particularité de sa nouvelle prestigieuse académie, Shuchikan.  L'école se trouve sur une île nommée Tamatsu Island loin de la partie continentale du Japon, et la seule façon d'y arriver est par bateau.  Peu de temps après le transfert, Kohei découvre que l'une des étudiantes de la classe voisine, Sendo Erika a quelque chose de spéciale...