Au lycée Shinonome, c'est le festival de l'école et tout se déroule comme d'habitude. Makoto, un jeune étudiant passionné de chimie, travaille sur sa nouvelle invention ; Jinnai, le président du conseil des élèves, et accessoirement escroc notoire, trempe toujours dans des affaires douteuses ; et Nanami, sa sœur, gagne de l'argent honnêtement en vendant des repas. Jinnai, qui se sent humilié par Makoto depuis son enfance, décide de saboter son expérience pour le faire renvoyer du lycée, mais Makoto le surprend. La machine s'emballe et crée un vortex qui transporte alors Makoto, Jinnai, Nanami et M. Fujisawa à El Hazard, un monde parallèle au notre. Le combat entre Jinnai et Makoto va se poursuivre à El Hazard…