Lupin commence son vol d'un trésor culturel japonais récemment découvert et transporté en Allemagne. Cependant, pendant sa tentative de vol, il est témoin de la "mort" supposée de Zenigata, un plan élaboré par un clan de ninja qui est également à la recherche du trésor. Lupin et ses amis peuvent-ils empêcher le clan ninja d'obtenir ce qu'ils cherchent ?