L'histoire commence dans une ville en ruine, peu après la destruction de la planète, suite au terrible réveil d'une mystérieuse divinité. Néanmoins sa résurrection ne sera pas total tant qu'elle n'aura n'a pas absorbé le "sang de Maria". Au cœur de ce chaos, Shinichi, mi-homme, mi-bête, va entrer en guerre contre les généraux de ce Dieu pour sauver la jeune Ayaka, la réincarnation de Maria.